Gene Expression Analysis

Labcorp now offers ddPCR technology to allow nucleic acid quantification with ultrasensitivity and high precision using Bio-Rad’s QX200 System. ddPCR enables absolute quantification of molecular targets that are undetectable with traditional techniques.

A recent addition to Labcorp’s service portfolio, NanoString’s nCounter® Analysis System and the GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP) can be used to inform how a drug modulates gene expression and the signaling pathways that regulate tumor growth.

The NanoString nCounter® allows for analysis of up to 800 RNA, DNA or protein targets simultaneously with high sensitivity and precision. The system utilizes molecular "barcodes" and single molecule imaging to quantitate hundreds of unique transcripts in a single sample.

Other key advantages of using the NanoString nCounter® include:

• A number of “off-the-shelf panels” for oncology (human and mouse) available, customizable to include up to 55 additional unique targets
• Optimized for challenging sample types (FFPE, tissue, lysates and biofluids)
• Only low amounts of precious sample material required
• Accurate and faster than qPCR (no amplification requirements) and simpler than next generation sequencing

While NanoString nCounter® provides great quantitative data on gene or protein expression levels from tumor samples, spatial context is key to gaining further insights into tissue biology. NanoString GeoMx® DSP is the spatial biology solution and it can be used to gain a deeper understanding of the tumor and the complex interactions within the tumor microenvironment.

The NanoString GeoMx® DSP technology builds upon the highly robust NanoString nCounter® digital barcode technology, providing morphological context and high-plex protein or gene expression profiling from just one prepared slide sample. The technology uses software that offers tremendous flexibility when selecting a region-of-interest strategy (geometric, segmentation, cell-type specific, contour, gridded) to visualize spatial architecture and analyze multiple biomarkers of a tissue sample. The data analysis software in GeoMx® DSP supports easy visualization and interpretation of data. High-resolution images can be displayed alongside quantitative profiling data, allowing interaction with either dataset in real time.

Labcorp is the only preclinical CRO, globally, to offer NanoString’s GeoMx® DSP technology.

In addition to being utilized as a standalone in vitro service for genetic expression screening using cell-based models, NanoString may also be used in an ex vivo setting to analyze the drug mechanism of action in in vivo animal models, thereby offering the ability to screen multiple therapeutics to identify promising lead compounds.

Usamos un sistema PCR en tiempo real StepOnePlus™ que puede leer cuatro colores diferentes en una placa de 96 pocillos y se puede usar en ensayos como genotipificación de SNP, análisis de expresión génica, expresión de microARN, análisis de translocación y detección génica. Nuestros especialistas en PCR le ayudan a determinar la expresión de genes específicos en células cultivadas, tejidos frescos o tejidos congelados. Si necesita medir la expresión de genes en diferentes líneas celulares, cepas de ratones, tejidos o tumores, o monitorear la expresión de diferentes genes con diferentes tratamientos, nuestros especialistas en PCR pueden ayudarle a diseñar un estudio que se adapte a sus necesidades.

El perfilado de expresión génica es la medición de la actividad (la expresión) de miles de genes a la vez para crear una imagen global de la función celular. El ARN se secuencia usando secuenciamiento de nueva generación, se cuantifica y se alínea con miles de secuencias de ARN conocidas de genes específicos. Estos perfiles pueden, por ejemplo, distinguir entre células que se están dividiendo activamente, mostrar cómo las células reaccionan a un tratamiento particular o determinar qué genes se expresan diferencialmente en diferentes líneas celulares, cepas de ratones, tejidos o tumores. Labcorp collaborates with a partner laboratory that specializes in sequencing the RNA. Una vez que obtenemos la información de secuenciamiento, tenemos el software para cuantificar, alinear y analizar los datos. Podemos comparar la expresión de genes individuales, conjuntos de genes relacionados, grupos de genes específicos de una vía o un proceso, y genomas enteros entre muestras y mostrar los resultados comparativos en gráficos y cifras puntuales.